A prisão de Braga Netto foi determinada pelo ministro do STF Alexandre de Moraes, que citou o envolvimento do general em uma trama golpista. Segundo Moraes, a Polícia Federal apresentou evidências sólidas que indicam a participação do general no planejamento e execução de um golpe de Estado em 2022, com o objetivo de prender ou matar Moraes e a chapa eleita de Luiz Inácio Lula da Silva e Geraldo Alckmin.
Moraes ressaltou que o golpe não se concretizou devido a circunstâncias alheias às vontades dos envolvidos, e apontou que Braga Netto atuou para obstruir as investigações em curso, obtendo dados de colaboração premiada de maneira ilícita. O ministro-relator do inquérito destacou a conduta dolosa do general em tentar impedir ou dificultar as investigações sobre a trama golpista.
A ordem de prisão, emitida na terça-feira, só foi cumprida no sábado, uma vez que Braga Netto estava em viagem com a família e retornou na sexta à noite. Após a prisão, o sigilo da decisão de Moraes foi levantado. De acordo com o ministro, informações da delação do tenente-coronel Mauro Cid indicaram que Braga Netto financiou as ações ilícitas de forma direta, fornecendo dinheiro em uma sacola de vinho.
Braga Netto foi preso em Copacabana, no Rio de Janeiro, após retornar de uma viagem a Alagoas. A estratégia da Polícia Federal foi aguardar seu retorno para evitar constrangimentos diante de seus familiares. O general foi indiciado pela PF por sua participação em dois núcleos do grupo que teria planejado o golpe: o Núcleo Responsável por Incitar Militares a Aderirem ao Golpe de Estado e o Núcleo Operacional para Cumprimento de Medidas Coercitivas.
Ao eleger alvos para ataques pessoais contra militares que se opunham ao movimento golpista e ao incitar apoio de outros setores, Braga Netto teria desempenhado um papel importante nos planos do grupo. A prisão do general levantou discussões e opiniões divergentes, com declarações como a do vice-presidente Mourão, que afirmou que Braga Netto não representava nenhum risco.
