No Inquérito do Golpe, a maioria dos acusados questiona o julgamento pelo Supremo Tribunal Federal (STF) e a relatoria de Moraes. Os investigados estão pedindo a rejeição da denúncia da Procuradoria-Geral da República (PGR) e querem que o processo seja transferido para a primeira instância da Justiça Federal ou, no mínimo, que seja transferido do Primeira Turma para o plenário.
As defesas de 11 dos 18 denunciados por tentativa de golpe de Estado expressaram dúvidas sobre a escolha da Primeira Turma do STF como foro adequado para julgar o caso e questionaram a imparcialidade do ministro Alexandre de Moraes como relator. O argumento principal desses acusados é que o ministro não teria imparcialidade necessária para analisar o processo.
Todos os denunciados que se manifestaram até o momento negaram a prática de crimes e pediram para que a Justiça rejeite a denúncia. Além disso, os advogados de seis denunciados solicitaram que Moraes seja declarado impedido ou suspeito para conduzir o caso, alegando que o magistrado teria sido vítima do suposto plano de golpe.
Apesar da contestação das defesas, o plenário do STF decidiu manter Moraes como relator do processo, rejeitando um pedido semelhante feito pela defesa do ex-presidente Jair Bolsonaro. As autoridades ligadas à investigação ressaltam que Moraes foi atacado pelo grupo político do ex-presidente após começar a investigar os supostos crimes, o que poderia gerar um impedimento futuro.
Por fim, os advogados de alguns denunciados pediram que o processo seja julgado pelo plenário do STF, composto por 11 ministros, em vez da Primeira Turma, da qual Moraes faz parte. Para esses advogados, a gravidade do caso e o envolvimento de autoridades como um ex-presidente justificam que o julgamento seja realizado no plenário. O STF ainda precisa analisar e se pronunciar sobre os pedidos das defesas antes de julgar o recebimento da denúncia e dar início a uma eventual ação penal.