O túnel Santos-Guarujá terá um sistema de cobrança de pedágio tanto na ida quanto na volta, com uma tarifa base apresentada no edital no valor de R$ 6,15 para carros. Essa quantia é nove vezes maior do que o valor cobrado no pedágio da Ponte Rio-Niterói, o que representa um custo significativamente mais alto para os motoristas que precisarem utilizar o túnel. Com base na extensão do túnel, o valor proporcional do pedágio é consideravelmente mais elevado em comparação com outras estruturas de cobrança de pedágio no país. Esta diferença de tarifas entre os pedágios do túnel Santos-Guarujá e da Ponte Rio-Niterói tem gerado discussões e debates sobre a justiça e a razoabilidade dos preços estabelecidos para o novo túnel. Motoristas e autoridades estão atentos ao impacto que o alto custo do pedágio poderá ter no tráfego de veículos entre Santos e Guarujá, considerando que a ligação viária é estratégica para a região.